Fakulti Sains dan Teknologi Makanan bermula pada tahun 1976 dengan penubuhan Jabatan Sains dan Teknologi Makanan dibawah Fakulti Pertanian.

Pada peringkat awal penubuhannya, hanya satu program prasiswazah ditawarkan iaitu Bacelor Sains dan Teknologi Makanan. Penubuhan Jabatan Sains dan Teknologi Makanan adalah selaras dengan keperluan negara bagi memenuhi kekurangan tenaga mahir dalam bidang makanan berasaskan sains.

Pada 1 Mac 1982, Jabatan Sains dan Teknologi Makanan telah dinaiktaraf menjadi Fakulti Sains dan Teknologi Makanan dengan dua jabatan iaitu Jabatan Teknologi Makanan dan Jabatan Sains Makanan. Pada tahun 1986, nama Fakulti telah ditukar kepada Fakulti Sains Makanan dan Bioteknologi (FSMB) dengan penubuhan Jabatan Bioteknologi yang menawarkan Bacelor Sains (Bioteknologi) dengan enam modul iaitu Bioteknologi Tumbuhan, Biologi Molekul, Bioteknologi Makanan, Bioteknologi Industri serta Bioteknologi Alam Sekitar dan Pengurusan.

Pada tahun 1996, Fakulti telah menawarkan program Bacelor Sains (Pengajian Makanan) dengan dua opsyen iaitu Pengurusan Mutu Makanan dan Pengurusan Makanan. Pada tahun 1997 dan 2000, opsyen Pentadbiran Perkhidmatan Makanan dan opsyen Pemasaran Makanan pula ditawarkan melalui program yang sama, masing-masing.

Pada 1 Ogos 2004, nama Fakulti ditukar kepada Fakulti Sains dan Teknologi Makanan apabila Jabatan Bioteknologi dikeluarkan untuk penubuhan Fakulti baru. Pada Januari 2005, Jabatan Pengurusan dan Khidmat Makanan ditubuhkan di Fakulti.